在扩散过程中，首先通过接受二维拓扑的图神经网络提取分子宏观嵌入，再将这种嵌入与构象能量作为条件输入给扩散模型，逐步去噪重构出 Suiren-Base 的 3D 构象表征与原子坐标。

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在合成生物学和药物发现等场景中，研究者往往不只希望模型生成结构合理的蛋白，还希望候选序列同时具备更高折叠性、更好溶解性、更强热稳定性等多种属性。